리플리가 에이리언을 멸종시키기 위해 용광로 속으로 몸을 던진지 200년후, 미래의 정부는 '퓨리 161'에서 리플리의 흔적을 찾아내고 그녀의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취한다. 그리고는 고도로 발달된 유전공학을 통해 또 하나의 리플리를 부활시키는 데 성공한다.

그와 동시에 상업적 목적으로 함께 복제된 퀸 에이리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거두고 인간 사냥꾼을 고용해 에이리언의 완벽한 성장에 필요한 사람들을 에이리언의 숙주로 제공한다.

한편 비티호의 밀수업자들은 콜에 의해 에이리언의 비밀을 알아내 위험에 빠지자 어쩔 수 없이 테러를 일으키고 이때 에이리언들도 탈출을 하는 사태가 발생한다. 우주선은 비상상태가 되어 자동 귀환 장치에 의해 지구로 기수가 바뀌고 지구는 종말의 위기에 처한다.

이제 에이리언의 위협에서 인류를 구하는 것은 변종인간 리플리와 에이리언을 막도록 프로그램 되어있는 사이보그 칼뿐인데...

(한글자막 지원) (러닝타임: 극장판 - 109분 / 감독판 - 116분)

[1997년 극장판]

- 2003 Audio Commentary by Director Jean-Pierre Jeunet and the Cast and Crew : 2003년 장 피에르 주네 감독과 배우 & 제작진의 음성 해설
- Theatrical Isolated Score : 극장판 이솔레이티드 스코어
- Deleted Scenes Index: 삭제 장면 목록
- New Opening Title Sequence(새로운 오프닝 타이틀 시퀀스)
- Rude Awakening(불시에 깨어남)
- Ripley Remembers(리플리의 기억)
- Cafeteria Scene(카페테리아 장면)
- Vriess' Joke(브리스의 농담)
- The General's Quarters(장군의 숙소)
- What's Inside Purvis? Part 1 & 2(퍼비스의 내부에 무엇이 있나? 파트 1 & 2)
- Disposable Weapons(일회용 무기들)
- Interior Chapel Part 1(내부 회당 파트 1)
- Interior Chapel Part 2(내부 회당 파트 2)
- A New Ending(새로운 엔딩)

[2003년 특별판]

- Intro by Jean-Pierre Jeunet : 장 피에르 주네 감독의 특별판 소개
- 2003 Audio Commentary by Director Jean-Pierre Jeunet and the Cast and Crew : 2003년 장 피에르 주네 감독과 배우 & 제작진의 음성 해설
- Deleted Scenes Marker: 삭제 장면 북마크

- 극장판과 함께 약 7분이 추가된 특별판 동시 수록
- 음성 해설과 삭제 장면에 한글 자막 지원 & 한글 메뉴 제공
- 유전자 복제로 부활한 리플리와 더욱 막강하게 진화한 에이리언의 대결
- 강력한 여전사 시고니 위버와 새로운 히로인 위노나 라이더의 호흡
- 시리즈 중 가장 거대한 스케일과 탁월한 특수효과를 선보이는 작품
- 장 피에르 주네 연출
- 다리우스 콘지 촬영
- 허브 시나이드 편집

스토리를 보면 익숙한 에이리언 공식을 따르고 있지만 결코 진부하지는 않다. 등에서 드러났던 감독의 블랙유머 감각이 잔인한 유혈극 속에 삽입되어 묘한 재미를 더하고, 나찌의 생체실험을 연상시키는 기형인간, 4편의 시리즈 중 처음으로 컴퓨터 그래픽으로 만들어져 전편에서보다 훨씬 유연하고 빨라진 에이리언, 그리고 자궁을 통해 태어난 인간과 에이리언의 합성체 등 시리즈의 명성에 부응하는 상상력과 기술적 완성도를 보여준다.