- 대단원의 막이 오르다!

진실을 찾는 여정에 한걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편, 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 새로운 변수가 생긴다. 매순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살 할 야욕을 불태운다. 이에 네오에게 마지막 조언을 건네는 오라클.

네오는 오라클 역시 매트릭스라는 거대한 구조 속에 존재하는 하나의 프로그램에 불과할 수 있음을 알면서도 그녀의 조언을 받아들인다. 니오베의 도움으로 네오와 트리니티는 일찍이 그 어느 인간도 가본적이 없는 세계, 기계 도시의 심장부로 잠입한다. 그곳에서 기계 세상의 절대 권력자(DEUS EX MACHINA)를 만나 파멸 직전의 인류를 구원키 위한 최후의 카드를 던지는데... 이제 드디어 인류 최후의 거대한 진실이 그 베일을 벗는다!